Via groen gascertificaten is het mogelijk om de fysieke productie van groen gas los te koppelen van het gebruik ervan. Een biogasproducent, dat kan een bijvoorbeeld een agrarisch bedrijf zijn, verkoopt het door hem geproduceerde groene gas aan een bedrijf dat in gas handelt. Voor de aankoop van het groene gas krijgt deze handelaar de certificaten ter beschikking. Gebruikers van gas nemen gas via de gewone aansluiting op het distributienet af en kunnen er certificaten bijkopen. Zo kopen ze als het ware groen gas om bijvoorbeeld de eigen duurzame energiedoelstellingen te realiseren. Er bestaan dus twee markten: een fysieke gasmarkt (handel in gas) en een virtuele certificatenmarkt (handel in certificaten). Op het moment van groen gas productie wordt een certificaat uitgegeven en vervolgens wordt het gas net als normaal fossiel gas verhandeld en vervoerd naar gebruikers. Het eens groene gas is op dat moment niet meer herkenbaar als groen gas. Het kenmerk groen is overgegaan in een certificaat en kan vervolgens los van de fysieke gasstroom worden verhandeld en weer gekoppeld worden aan de fysieke gasstroom als een eindverbruiker het groene gas als het ware verbruikt. De certificaten worden op dit moment afgeboekt door de handelaar.
Door certificaten te kopen en te koppelen aan dit verbruik wordt het fossiele gas als groen gas gekenmerkt. Daardoor kan iedereen die dat wenst groen gas kopen zonder fysiek verbonden te zijn aan een producent van groen gas.